آیة‌الله حاج شیخ حسین مظاهری، در سال 1312 هجری شمسی در «تیران» یکی از شهرستانهای استان اصفهان و در خانواده‌ای مذهبی و روحانی و دوستدار خاندان پیامبر گرامی اسلام(ص) پا به عرصه وجود نهاد. تقید به شریعت و کوشش برای انجام واجبات و ترک محرمات الهی از ویژگی‌های برجسته خانواده آیة‌الله مظاهری به ویژه والد معظم له، مرحوم حجة‌الاسلام والمسلمین حاج شیخ حسن مظاهری بود که این مسأله، سهم بسزایی در رشد و تعالی روح ایشان و علاقه‌مندی به تحصیل در حوزه علمیه داشت. آیة‌الله مظاهری، با پایان دادن به تحصیلات غیر حوزوی، در سال 1326 هجری شمسی برای تحصیل علوم دینی وارد حوزه علمیه اصفهان شد.
حوزه علمیه اصفهان در دوره‌های قبل، بویژه در عصر صفوی، با ظهور عالمانی برجسته و سترگ، و برپایی جلسات علمی درخششی فراوان داشت. در دوره‌ای که آیة‌الله مظاهری به تحصیلات حوزوی روی آورده بود، حوزه اصفهان اگرچه درخشش پیشین را نداشت؛ اما همچنان از استادان بزرگ و حوزه‌های بحث و درس خالی نبود. ایشان در ابتدا به مدرسة مسجد سید اصفهان، که مقبره مرحوم سید شفتی نیز در آنجاست، وارد شده و مشغول به تحصیل شدند.آیة‌الله مظاهری دروس دوره ادبیات و نیز بخشی از دروس دوره سطح را در اصفهان، در نزد استادان بزرگ آن دیار، فرا گرفته و در سال 1330 هجری شمسی، به منظور تکمیل تحصیلات خود و بهره‌مندی از محضر استادان حوزه علمیه قم، به این حوزه سترگ پای نهادند و پس از پایان تحصیلات سطح، در درس خارج فقه و اصول اعاظم حوزه علمیه قم شرکت جسته و در کنار آن به فراگیری دروس فلسفه، همانند اسفار و شفا و نیز دروس تفسیر و کلام پرداختند.
ایشان در طی این سالها، از تدریس دروس حوزوی نیز غافل نمانده و از آغاز تحصیل، دروس فرا گرفته را تدریس می‌کردند. ایشان، عوامل کامیابی خود در زمینه‌های علمی را انتخاب استادان و هم مباحثه‌های خوب، تلاش برای مانع نشدن امور دنیوی در تحصیل، منظم بودن و تقویت دروس پایه می‌دانند. آیة‌الله مظاهری، با ورود به حوزه علمیه اصفهان، دروس ادبیات را خدمت دو عالم ادیب، مرحوم حاج آقا جمال خوانساری و حاج آقا احمد مقدس فرا گرفته و دروس سطح را نزد حضرات آیات خادمی، فیاض، طیب، ادیب و مدرس و منظومه حاجی سبزواری را در محضر مرحوم آیة‌الله حاج شیخ محمود مفید آموختند.
با ورود به حوزه علمیه قم، کتاب مکاسب و کفایة‌الاصول را نزد مرحوم آیة‌الله حاج شیخ عبدالجواد جبل عاملی و مرحوم آیة‌الله مرعشی نجفی و مرحوم آیة‌الله مجاهدی و مرحوم آیة‌الله حاج شیخ مرتضی حائری و مرحوم آیة‌الله سید محمد باقر سلطانی(ره) خواندند و آنگاه بیش از هشت سال در دروس خارج فقه حضرت آیة‌الله بروجردی و ده سال در دروس خارج فقه و اصول حضرت امام خمینی(ره) و بیش از دوازده سال در دروس خارج فقه و اصول آیة‌الله محقق داماد حاضر گشتند. همچنین اسفار ملاصدرا، شفای بوعلی سینا و دروس تفسیری و اعتقادی را نزد علامه طباطبایی فرا گرفتند.
حضرت آیة‌الله مظاهری، در سالهای زندگی پربرکت خود خدمات علمی، فرهنگی و اجتماعی فراوانی را به انجام رسانیده‌اند که تا هم اکنون نیز ادامه دارد. از جمله خدمات وی که تحول بزرگی در حوزه‌های علمیه ایجاد کرد، اهتمام ویژه به درس اخلاق و پرورش روحیه معنوی فضلا و طلاب جوان بود. ایشان پیش از انقلاب با اصرار و استقبال فضلا و طلاب، درس اخلاق خود را ابتداء در مدرسة فیضیة قم آغاز کردند و اکنون بیش از چهل سال است که این دروس به طور مداوم تشکیل می‌گردد و از این رهگذر، شاگردان و طلاب فاضلی به مکتب شیعه تقدیم شده است.
آیة‌الله مظاهری در امر سامان دادن به حوزه‌های علمیه نیز در پیش و پس از انقلاب خدمات شایانی داشته‌اند. از جمله، در پیش از انقلاب، به همراه بزرگانی چون آیة‌الله مصباح یزدی و آیة‌الله خرازی در تنظیم و تدوین برنامه‌های علمی و آموزشی مؤسسه در راه حق شرکت جستند که برکات بسیار عظیمی را به همراه داشت. در سال 1374 هجری شمسی نیز با هجرت ایشان از حوزه علمیه قم به شهر اصفهان، حوزه علمیه اصفهان استقلال یافت. در دوره حضور ایشان در اصفهان نیز خدمات فراوانی به آن حوزه کهن ارزانی گشته که از جمله می‌توان به تأسیس «مرکز مدیریت حوزه علمیه اصفهان»، «مرکز آموزش‌های تخصصی حوزه علمیه اصفهان»، «مرکز مشاوره حوزه عملهیه اصفهان»، «مرکز خدمات حوزه علمیه اصفهان با بخش‌های مختلف بیمه، مسکن، قرض الحسنه و...»، «مرکز تحقیقات رایانه‌ای حوزه علمیه اصفهان» و نیز «مرکز رسیدگی به امور مساجد استان اصفهان» اشاره کرد. آیة‌الله مظاهری، سالیان بسیاری در حوزه‌های علمیه علاوه بر دروس اخلاق به تدریس دروس مختلف فقهی، اصولی، فلسفی، اقتصادی و... پرداخته‌اند.
ایشان چندین بار، شرح منظومه، نهایة‌الحکمه و بخش‌هایی از اسفار اربعه را تدریس نموده و از سال 1356 تاکنون به تدریس دروس خارج فقه و اصول اشتغال داشته‌اند. استاد طی این سالها بسیاری از ابواب فقهی همانند طهاره، صوم، خمس، زکوه، حجّ، امر به معروف و نهی از منکر، بیع، اجاره، مضاربه، شرکت، ضمان، حواله، کفالت، صلح، حجر، قرض، فلس، قضا، ولایت فقیه و... و همچنین بیش از پنج دوره کامل مباحث علمی اصول فقه را در حوزه علمیه قم و اصفهان تدریس فرموده‌اند. حضرت آیة‌الله مظاهری در ضمن تدریس از تألیف و پژوهش نیز غافل نبوده و کتابهای فراوانی را به میراث مکتوب شیعه افزوده‌اند.
آیة‌الله مظاهری، در کنار فعالیتهای علمی و فرهنگی، از فعالیتهای سیاسی باز نمانده و در پیش و پس از انقلاب اسلامی، همگام با دیگر مردم ایران برای نابودی رژیم پهلوی و استقرار حکومت اسلامی تلاش کردند. ایشان از اعضای با سابقه و عالی رتبه جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بوده و در زمان مبارزه بر ضد رژیم شاه، با همکاری دیگر اعضای آن جامعه، به صدور اعلامیه و بیانیه بر ضد شاه و عوامل او و نیز به افشاگری‌های فراوان می‌پرداختند. امضای ایشان در ذیل بسیاری از اعلامیه‌های مهم آن زمان به چشم می‌خورد.
پس از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی، معظم له با برقراری دروس اخلاق عمومی برای همه مردم، بویژه نسل جوان و بسیجیان و نیز برگزاری این دروس در جبهه‌های نبرد حق علیه باطل، و با پیروی تامّ از فرمان‌های امام راحل عظیم الشأن حضرت امام خمینی(ره) یاوری صدیق و شاگردی مطیع در خدمت آن امام(ره) بودند. حوزه علمیه اصفهان، در طول تاریخ عالمان فرزانه‌ای را به عالم اسلام تقدیم کرده بود. عالمانی چون شیخ بهایی، علامه مجلسی، میرداماد، سید شفتی و جهانگیرخان قشقایی. این حوزه با سابقه، در دهه‌های اخیر به سبب نبود ستارگان درخشان علم و فقاهت و نارسایی‌های موجود، رو به افول نهاده بود. از اینرو علمای آن دیار سالها بود که به دنبال راهکاری مناسب برای جبران این خسارت بودند؛ اما این حرکت نیازمند محوریت کارآمد و مرکزیت استوار بود.
پس از ارتحال مرحوم آیة‌الله حاج شیخ حسن صافی اصفهانی «رضوان الله علیه» علمای حوزه علمیه اصفهان در آبان ماه سال 1374 طی نامه‌ای مفصل به مقام معظم رهبری خواستار هجرت آیت الله مظاهری به آن دیار شدند. پس از این نامه، مقام معظم رهبری در تاریخ نهم آذر ماه 1374 در نامه‌ای از آیة‌الله مظاهری خواستند که به شهر اصفهان عزیمت فرموده، درخواست مردم و علمای آن دیار را اجابت فرمایند. دو روز پس از این نامه، یعنی یازدهم آذرماه 1374 و در سالروز تولد حضرت جوادالائمه(ع) حضرت آیة‌الله مظاهری با استقبال فراوان مردم، مسؤولین و علمای بزرگوار اصفهان، وارد این شهر شده و در آن رحل اقامت افکندند. آیة‌الله مظاهری، هم اکنون در اصفهان حضور داشته و به اداره حوزه علمیه اصفهان و تربیت طلاب شایسته و رسیدگی به امور مردم مؤمن و مسلمان آن شهر می‌پردازند